El Boxster y el Boxster S cuentan con un sistema de frenos con mordazas de aluminio de 4 émbolos en arquitectura monobloque delante y detrás. Las ventajas: elevada resistencia a la deformación, bajo peso. Como resultado, una respuesta especialmente rápida y suave de los frenos.

El servofreno reduce la fuerza necesaria en el pedal sin disminuir su elevado nivel de eficacia. Un esquema especial de ventilación, que refrigera en su totalidad la unidad de freno a través unas aberturas en el carenado delantero por medio de unos sistemas de conducción del aire, incrementa sustancialmente la rigidez del conjunto en situaciones de constante exigencia.

En los modelos Boxster el sistema de frenos ha sido adaptado a su superior potencia. Del mismo modo que el Boxster S, el Boxster equipa discos de freno autoventilados de 318 mm de diámetro en el eje delantero.

Detrás, discos de freno de 299 mm en ambos modelos. Para una mejor respuesta sobre mojado, mejor refrigeración y menor peso, los discos de freno están perforados.

Además se han optimizado las pastillas de freno. Como resultado se obtienen unas mejoradas prestaciones de freno. Los discos de freno traseros del Boxster S son 4 mm más gruesos que los del Boxster. Para una mayor resistencia a la fatiga. Para diferenciarlos estéticamente, las mordazas de freno del Boxster están anodizadas en negro y las del Boxster S esmaltadas en rojo.